Nel Dipartimento di Chirurgia Generale e Specialistica P. Stefanini, afferiscono le seguenti scuole di specializzazione
| Denominazione Scuola | Direttore | Segreteria | Ubicazione |
| Chirurgia Vascolare | Enrico Sbarigia | Brunella Aleandri | II Clinica Chirurgica |
| Chirurgia Toracica | Federico Venuta | II Clinica Chirurgica | |
| Anestesia e Rianimazione, Terapia Intensiva e del Dolore | Guglielmo Tellan | Patrizia Scriboni | IV Clinica Chirurgica |